O dia 1 de Janeiro de 1986, data da adesão de Portugal à Comunidade Económica Europeia, constituiu um marco importante na História de Portugal. Entre outras consequências o país, enquanto Estado Membro, começou, a partir desta data, a beneficiar dos auxílios financeiros disponibilizados pelos Fundos Estruturais Europeus – Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER), Fundo Social Europeu (FSE) e Fundo Europeu de Garantia Agrícola (FEOGA-O).
A Comissão de Coordenação da Região Centro (CCRC), como entidade pública nacional descentralizada, particularmente ligada à promoção do desenvolvimento da Região, tornou-se numa Instituição essencialmente gestora dos Fundos Europeus, designadamente do FEDER, na sua componente de apoio financeiro às autarquias, mantendo ainda a sua anterior vocação muito dirigida à reflexão, estudo e apoio às autarquias.
Na fase inicial, entre 1986 e 1989, o financiamento comunitário era dirigido só a projectos de infra-estruturas públicas, dado que Portugal não dispunha de um sistema de incentivos financeiros ao sector privado passível de ser co-financiado pelo FEDER. Durante este período, e dando cumprimento aos normativos em vigor, as intervenções verificaram-se sobretudo em projectos individuais propostos pelos Estados Membros o que, como tal, beneficiavam ou não das aprovações em Bruxelas pela Comissão da Comunidade Económica Europeia.
Em 1988, e pretendendo dar resposta aos problemas de índole regional que iam surgindo com a adesão de novos países, foram introduzidas alterações significativas nas intervenções comunitárias.
Pela primeira vez em 1988 apareceram as perspectivas financeiras para um período de cinco anos, o que implicou uma alteração radical na forma como os Fundos estruturais, FSE, FEOGA e FEDER passaram a ser aplicados. O montante que lhes foi atribuído anualmente, também, mais que triplicou, e passou a representar cerca de 31% do orçamento comunitário.
Na sequência do Acto Único Europeu, em 1986, a política de coesão começa a assumir maior relevância como forma de auxiliar as regiões menos desenvolvidas, o que se veio a repercutir nos anos seguintes nas novas formas de abordagem da política regional.
A reforma de 1988 introduziu um conjunto de princípios verdadeiramente inovadores:
– concentração num número limitado de objectivos e aplicáveis às regiões menos desenvolvidas;
– adicionalidade, a despesa comunitária não se poderia substituir à despesa nacional, eram complementares;
– partenariado no sentido do envolvimento de todos os níveis da administração nacional e comunitária e parceiros sociais na preparação e implementação dos programas de forma a assegurar uma maior transparência nas intervenções;
– programação, não se aceitando mais o financiamento de projectos isolados, exigindo-se que todos eles se enquadrassem em programas plurianuais, plurisectoriais e se possível inter-regionais. A palavra avaliação apareceu também pela primeira vez.

Surge, assim, o Quadro Comunitário de Apoio I (QCA I) aplicável ao período 1989-1993.

Os QCA são documentos elaborados pelos Estados Membros estruturados por Eixos (estratégicos) correspondentes aos objectivos gerais, que, por sua vez, integram vários Programas Operacionais (sectoriais ou regionais), com objectivos específicos, desagregados em Sub-programas, com várias medidas e em que cada uma integra um conjunto de acções. As acções podem integrar um ou mais projectos e dirigem-se a beneficiários finais. A cada Programa Operacional corresponde um Complemento de Programação desenvolvido por uma Autoridade de Gestão e um plano financeiro. Os programas são objecto de uma avaliação ex-ante para serem aprovados, uma avaliação intercalar e uma avaliação ex-post.
 Os Programas Operacionais, regionais ou sectoriais, propostos pelos Estados Membros e submetidos à apreciação da Comissão da Comunidade Europeia (C.C.E.), trouxeram consigo uma significativa descentralização nos Países Membros relativa à gestão e aprovação dos projectos neles integrados.
A par dos Programas elaborados e propostos pelos Estados Membros à C.C.E. coexistiam outros, cuja iniciativa pertence à C.C.E., Programas de Iniciativa Comunitária, e que pretendem dar resposta a problemas comuns a vários Estados Membros.
No âmbito do Quadro Comunitário referido (1989-1993), surgem então os primeiros Programas Operacionais, elaborados pelo Governo e propostos à C.C.E. onde se definem os objectivos e estratégias nacionais para responder aos problemas nacionais, de carácter regional ou sectorial.
Os Programas Operacionais Sectoriais são programas da iniciativa do Estado Membro, tal como os anteriores, cuja iniciativa e respectiva preparação pertence aos responsáveis pelo respectivo sector a nível nacional.
Como complemento, seguindo uma estrutura muito próxima dos anteriores mas contendo, no entanto, uma abordagem mais fina sobre os problemas, objectivos, estratégias e instrumentos a CCRC teve, desde a referida data, como incumbência a elaboração dos Programas de Desenvolvimento Regional relativos à Região Centro, incumbência essa que lhe advinha do facto da gestão dos programas e respectivos projectos, designadamente os de iniciativa municipal lhe pertencerem.
Os primeiros Programas Operacionais elaborados pela CCRC foram os do Centro, Pinhal Interior e Raia Central, programas esses em que intervieram os três fundos estruturais, cada um dirigido ao sector para o qual tinha sido criado: politica regional, política social e emprego e política agrícola. As regras a seguir na sua implementação eram as relativas a cada Fundo Estrutural. A componente financeira mais forte coube ao FEDER.

A passagem do QCA I para o Quadro Comunitário de Apoio II (1994-1999) traduziu-se num reforço financeiro dos Fundos Estruturais e num alargamento de objectivos e sectores a poderem ser financiados. Em 1994 foi criado o Fundo de Coesão que, embora estivesse integrado no QCA II não era um Programa Operacional. O Fundo de Coesão era aplicável aos Países que tivessem um PIB p. c. inferior a 90% da média comunitária e que por integrarem a União Económica e Monetária tivessem de cumprir os critérios para a ela poderem pertencer. Portugal, a par de mais três países (Espanha, Grécia e Irlanda), encontrava-se nesta situação. O Fundo de Coesão era um fundo de aplicação e gestão a nível nacional e dirigia-se às infraestruturas de ambiente e dos transportes.
O Programa Operacional da Região Centro (PROCENTRO) mais uma vez era um programa plurifundos, ao qual aos três fundos do Programa Operacional do Centro se associou o IFOP, fundo dirigido ao sector das pescas.

O QCA III (2000-2006) consagrou um conjunto de reformas para responder aos novos desafios que se iriam colocar à União Europeia nos anos subsequentes, mais uma vez, devido à adesão de novos países.
Foi desencadeado em Portugal (1998) o processo de planeamento consignado no Plano Nacional de Desenvolvimento Económico e Social (PNDES) que serviu de base à apresentação por Portugal do seu Plano de Desenvolvimento Regional (PDR). O PDR considerou a integração dos aspectos ambientais nas políticas sectoriais, enquadrando os investimentos relevantes para a minimização do impacte ambiental resultante dos diferentes sectores de actividade nos respectivos instrumentos (Programas Operacionais) sectoriais.
A CCRC, mais uma vez, elaborou o Programa Operacional da Região Centro onde a sua estrutura foi um pouco diferente das anteriores na medida em que pela primeira vez foram contempladas intervenções da administração central regionalmente desconcentradas. A integração destas intervenções no programa regional deveu-se ao entendimento que, embora se enquadrassem na estratégia nacional sectorial, a sua implementação teria efeitos mais positivos se houvesse uma forte articulação territorial. Tratou-se igualmente de um programa onde intervieram os quatro fundos referidos anteriormente.

O quarto QCA obteve uma designação diferente do habitual, isto é, passou a designar-se Quadro de Referência Estratégica Nacional (QREN 2007-2013). Paralelamente a uma redução no número de fundos estruturais que intervêm, FEDER, FSE e Fundo de Coesão assiste-se igualmente a uma redução de objectivos prioritários: convergência, emprego e competitividade regional e cooperação territorial europeia.
As regiões NUTS II Portuguesas, ao contrário do período de programação 2000-2006, onde só a região de Lisboa se encontrava em situação de “phasing-out”, passou a ter regiões que integram objectivos diversos. O Norte, Centro, Alentejo e R. A. dos Açores na medida em que ainda não ultrapassaram 75% média europeia em termos de PIB p.c. integram as regiões do primeiro grupo, isto é, são regiões de convergência, beneficiando, portanto, do máximo de ajudas. O Algarve é elegível para o “phasing-out estatístico”, isto é, beneficia de apoios degressivas até 2013, A R. A. da Madeira está em regime de “phasing-in” para o objectivo Competitividade e Emprego, objectivo este onde a região de Lisboa se integra.
O QREN, tal como os QCA anteriores, integram diversos Programas Operacionais. Coexistem com os P. O. Temáticos (Factores de Competitividade, Potencial Humano, e Valorização do Território), os P. O. Regionais bem como os de Assistência Técnica aos dois Fundos Estruturais. Algumas intervenções integradas no objectivo Cooperação Territorial Europeia podem beneficiar financeiramente do FEDER.