A consagração da Cooperação Territorial como um dos objectivos centrais da política de coesão europeia ficou expressa nos regulamentos relativos aos Fundos Estruturais, em particular o REG (CE) 1083/2006, de 11 de Julho (disposições gerais) e o REG (CE) 1080/2006, de 5 de Julho (disposições relativas ao FEDER).

Ficaram também consagradas as três vertentes de cooperação (transfronteiriça, transnacional e interregional) e os programas que envolvem a Região Centro:

Cooperação transfronteiriça: desenvolvimento de actividades económicas, sociais e ambientais através de estratégias conjuntas nos territórios de fronteira da União Europeia.

Cooperação transnacional: integração territorial em grandes grupos de regiões europeias para alcançar um desenvolvimento sustentável, harmonioso e equilibrado na União Europeia.

Cooperação interregional: promoção da eficiência da política regional através da cooperação, da criação de redes e da troca de experiências entre entidades regionais e locais, em todo o espaço da União Europeia.