As Acções Inovadoras do FEDER funcionaram enquanto base para experimentação de ideias para o apoio ao aumento da competitividade das regiões da União Europeia. Tinham por objectivo proporcionar aos actores regionais algum “espaço de risco” necessário para responder aos desafios colocados pela nova economia, funcionando enquanto laboratórios de teste a novas ideias e práticas.

Vinham no seguimento de iniciativas anteriores da Comissão Europeia de promoção da definição pelas regiões de Estratégias Regionais de Inovação (RIS) e de Transferência de Tecnologia (RITTS).

No período entre 2000 e 2006, estes programas deveriam estar relacionados com um ou mais dos seguintes temas estratégicos:

Estes programas eram estabelecidos pressupondo a existência de uma base regional de parceria entre os agentes, valorizando, designadamente, a parceria regional público-privada, e propunham uma intervenção estratégica de desenvolvimento de projectos individuais, em resultado dos quais poderiam ser realizadas extrapolações no âmbito dos restantes programas inseridos nos Objectivos 1 e 2, contribuindo ainda para a partilha de experiências entre regiões e a aprendizagem colectiva a partir da comparação e a divulgação das melhores práticas.

Neste contexto, os Programas Regionais de Acções Inovadoras, apoiaram as acções / projectos:

As propostas de programas eram apresentadas à Comissão Europeia até 31 de Maio de cada ano, entre 2001 e 2005, tendo uma dotação de 400 milhões de euros por ano, correspondente a 0,4 % da dotação anual do FEDER, podendo o co-financiamento dos seus custos ascender a 80%, nas regiões do Objectivo n° 1 (nas regiões do Objectivo n° 2, o co-financiamento ascendia a 50%, ou mesmo 60%, quando o interesse comunitário das acções inovadoras o justificava).

A Região Centro foi a única região portuguesa a ter dois Programas Regionais de Acções Inovadoras aprovados (todas as restantes regiões tiveram um PRAI aprovado, ao longo deste período):